Susunan Organisasi Direktorat Pesantren dan Pendidikan Diniyah

1. Subdirektorat Pendidikan Madrasah Diniyah Takmiliyah;
2. Subdirektorat Pendidikan Diniyah dan Mahad Aly;
3. Subdirektorat Pendidikan Kesetaraan;
4. Subdirektorat Pendidikan Pesantren;
5. Subdirektorat Pendidikan Alquran;
6. Subbagian Tata Usaha; dan
7. Kelompok Jabatan Fungsional.

Direktur Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren 
Dr. H. Waryono, S.Ag, M.Ag

Kasubag Tata Usaha
Nur Shoib, SH.I, MH

Kasubdit Pendidikan Madrasah Diniyah Takmiliyah
Dra. Hj. Siti Sakdiyah, M.Pd

Kasubdit Pendidikan Diniyah dan Mahad Aly
Drs. Nurul Huda, M.Ag

Kasubdit Pendidikan Kesetaraan
Rahmawati, S.Psi, MM

Kasubdit Pendidikan Pesantren
Dr. Basnang Said​, S.Ag, M.Ag

Kasubdit Pendidikan Alquran​
Dr. Mahrus, M.Ag