Tugas dan fungsi pelayanan terhadap Pesantren dan Pendidikan Diniyah diamanahkan kepada Direktorat Pesantren dan Pendidikan Diniyah yang merupakan bagian dari Direktorat Jenderal Pendidikan Islam.  Direktorat Pesantren dan Pendidikan Diniyah mempunyai tugas melaksanakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan, standardisasi, bimbingan teknis, evaluasi, dan pengawasan Pesantren dan Pendidikan Diniyah sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.

Dalam melaksanakan tugas tersebut, Direktorat Pesantren dan Pendidikan Diniyah menyelenggarakan fungsi:

1. perumusan kebijakan di bidang kurikulum, ketenagaan, kesantrian, sarana dan prasarana, kelembagaan dan kerja sama Pesantren dan Pendidikan Diniyah;
2. koordinasi dan pelaksanaan kebijakan di bidang kurikulum, ketenagaan, kesantrian, sarana dan prasarana, kelembagaan dan kerja sama Pesantren dan Pendidikan Diniyah;
3. peningkatan kualitas pendidikan karakter santri Pesantren dan Pendidikan Diniyah;
4. fasilitasi sarana dan prasarana serta pendanaan Pesantren dan Pendidikan Diniyah;​​​​​​​
5. penyusunan norma, standar, prosedur, dan kriteria di bidang kurikulum, ketenagaan, kesantrian, sarana dan prasarana, kelembagaan dan kerja sama Pesantren dan Pendidikan Diniyah;​​​​​​​
6. pemberian bimbingan teknis dan supervisi di bidang kurikulum, ketenagaan, kesantrian, sarana dan prasarana, kelembagaan dan kerja sama Pesantren dan Pendidikan Diniyah;​​​​​​​
7. pelaksanaan evaluasi dan laporan di bidang kurikulum, ketenagaan, kesantrian, sarana dan prasarana, kelembagaan dan kerja sama Pesantren dan Pendidikan Diniyah; dan​​​​​​​
8. pelaksanaan administrasi direktorat.

    Susunan organisasi Direktorat Pesantren dan Pendidikan Diniyah terdiri atas:

1. Subdirektorat Pendidikan Madrasah Diniyah Takmiliyah;​​​​​​​
2. Subdirektorat Pendidikan Diniyah dan Mahad Aly;​​​​​​​
3. Subdirektorat Pendidikan Kesetaraan;​​​​​​​
4. Subdirektorat Pendidikan Pesantren;​​​​​​​
5. Subdirektorat Pendidikan Alquran;​​​​​​​
6. Subbagian Tata Usaha; dan​​​​​​​
7. Kelompok Jabatan Fungsional.

Subdirektorat Pendidikan Madrasah Diniyah Takmiliyah mempunyai tugas melaksanakan penyiapan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, dan evaluasi pendidikan madrasah diniyah takmiliyah.  Dalam melaksanakan tugas tersebut, Subdirektorat Pendidikan Madrasah Diniyah Takmiliyah menyelenggarakan fungsi:

1. penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan teknis di bidang kurikulum, ketenagaan, sarana prasarana, kelembagaan, kerja sama, dan kesantrian pendidikan madrasah diniyah takmiliyah;​​​​​​​
2. penyiapan bahan penyusunan norma, standar, prosedur, dan kriteria di bidang kurikulum, ketenagaan, sarana prasarana, kelembagaan, kerja sama, dan kesantrian pendidikan madrasah diniyah takmiliyah;​​​​​​
3. penyiapan bahan pelaksanaan bimbingan teknis dan supervisi di bidang kurikulum, ketenagaan, sarana prasarana, kelembagaan, kerja sama, dan kesantrian pendidikan madrasah diniyah takmiliyah; dan​​​​​​​
4. penyiapan bahan pelaksanaan evaluasi dan laporan di bidang kurikulum, ketenagaan, sarana prasarana, kelembagaan, kerja sama, dan kesantrian pendidikan madrasah diniyah takmiliyah.

Subdirektorat Pendidikan Madrasah Diniyah Takmiliyah terdiri atas, Seksi Kurikulum, Seksi Ketenagaan, Seksi Sarana, Prasarana dan Kelembagaan, serta Seksi Kesantrian.  Seksi Kurikulum mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan laporan kurikulum dan evaluasi pendidikan madrasah diniyah takmiliyah.  Seksi Ketenagaan mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan laporan ketenagaan pendidikan madrasah diniyah takmiliyah.  Seksi Sarana, Prasarana dan Kelembagaan mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan laporan sarana, prasarana, kelembagaan, dan kerja sama pendidikan madrasah diniyah takmiliyah.  Sedangkan Seksi Kesantrian mempunyai tugas melakukan penyiapan penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan laporan kesantrian, pembinaan bakat, minat, dan prestasi santri pendidikan madrasah diniyah takmiliyah.

Subdirektorat Pendidikan Diniyah dan Mahad Aly mempunyai tugas melaksanakan penyiapan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, dan evaluasi di bidang pendidikan diniyah dan Mahad Aly.  Dalam melaksanakan tugas tersebut, Subdirektorat Pendidikan Diniyah dan Mahad Aly menyelenggarakan fungsi:

1. penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan teknis di bidang kurikulum, ketenagaan, sarana prasarana, kelembagaan dan kerja sama, serta kesantrian pendidikan diniyah dan Mahad Aly;​​​​​​​
2. penyiapan bahan penyusunan norma, standar, prosedur, dan kriteria di bidang kurikulum, ketenagaan, sarana prasarana, kelembagaan dan kerja sama, serta kesantrian pendidikan diniyah dan Mahad Aly;​​​​​
3. penyiapan bahan pelaksanaan bimbingan teknis dan supervisi di bidang kurikulum, ketenagaan, sarana prasarana, kelembagaan dan kerja sama, serta kesantrian pendidikan diniyah dan Mahad Aly; dan​​​​​​​
4. penyiapan bahan pelaksanaan evaluasi dan laporan di bidang kurikulum, ketenagaan, sarana prasarana, kelembagaan dan kerja sama, serta kesantrian pendidikan diniyah dan Mahad Aly.

Subdirektorat Pendidikan Diniyah dan Mahad Aly terdiri atas Seksi Kurikulum, Seksi Ketenagaan, Seksi Sarana, Prasarana dan Kelembagaan, serta Seksi Kesantrian.  Seksi Kurikulum mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan laporan kurikulum dan evaluasi pendidikan diniyah dan Mahad Aly.

Seksi Ketenagaan mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan laporan ketenagaan pendidikan diniyah dan Mahad Aly.  Seksi Sarana, Prasarana dan Kelembagaan mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan laporan sarana prasarana dan kelembagaan pendidikan diniyah dan Mahad Aly.  Sedangkan Seksi Kesantrian mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan laporan kesantrian, pembinaan bakat, minat, dan prestasi santri pendidikan diniyah dan Mahad Aly.  

Subdirektorat Pendidikan Kesetaraan mempunyai tugas melaksanakan penyiapan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, dan evaluasi di bidang pendidikan kesetaraan.  Dalam melaksanakan tugas tersebut, Subdirektorat Pendidikan Kesetaraan menyelenggarakan fungsi:

1. penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan teknis di bidang kurikulum, ketenagaan, sarana prasarana, kelembagaan, kerja sama, dan kesantrian pendidikan kesetaraan;​​​​​​
2. penyiapan bahan penyusunan norma, standar, prosedur, dan kriteria di bidang kurikulum, ketenagaan, sarana prasarana, kelembagaan, kerja sama, dan kesantrian pendidikan kesetaraan;​​​​​​​
3. penyiapan bahan pelaksanaan bimbingan teknis dan supervisi di bidang kurikulum, ketenagaan, sarana prasarana, kelembagaan, kerja sama, dan kesantrian pendidikan kesetaraan; dan​​​​​​​
4. penyiapan bahan pelaksanaan evaluasi dan laporan di bidang kurikulum, ketenagaan, sarana prasarana, kelembagaan, kerja sama, dan kesantrian pendidikan kesetaraan.

Subdirektorat Pendidikan Kesetaraan terdiri atas Seksi Kurikulum, Seksi Ketenagaan dan Kesantrian, serta Seksi Sarana Prasarana dan Kelembagaan.

Seksi Kurikulum mempunyai tugas melakukan penyiapan penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan laporan kurikulum dan evaluasi pendidikan kesetaraan.

Seksi Ketenagaan dan Kesantrian mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan laporan ketenagaan dan pembinaan bakat, minat, dan prestasi santri pendidikan kesetaraan.

Sedangkan Seksi Sarana Prasarana dan Kelembagaan mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan laporan sarana prasarana dan kelembagaan pendidikan kesetaraan.

Subdirektorat Pendidikan Pesantren mempunyai tugas melaksanakan penyiapan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, dan evaluasi di bidang pendidikan pesantren.  Dalam melaksanakan tersebut, Subdirektorat Pendidikan Pesantren menyelenggarakan fungsi:

1. penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan teknis di bidang kurikulum, ketenagaan, sarana prasarana, kelembagaan dan kerja sama, serta kesantrian pendidikan pesantren;​​​​​​
2. penyiapan bahan penyusunan norma, standar, prosedur, dan kriteria di bidang kurikulum, ketenagaan, sarana prasarana, kelembagaan dan kerja sama, serta kesantrian pendidikan pesantren;​​​​​​​
3. penyiapan bahan pelaksanaan bimbingan teknis dan supervisi di bidang kurikulum, ketenagaan, sarana prasarana, kelembagaan dan kerja sama, serta kesantrian pendidikan pesantren; dan​​​​​​​
4. penyiapan bahan pelaksanaan evaluasi dan laporan di bidang kurikulum, ketenagaan, sarana prasarana, kelembagaan dan kerja sama, serta kesantrian pendidikan pesantren.

Subdirektorat Pendidikan Pesantren terdiri atas Seksi Kurikulum, Seksi Ketenagaan, Seksi Sarana Prasarana dan Kelembagaan, dan Seksi Kesantrian.  

Seksi Kurikulum mempunyai tugas melakukan penyiapan penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan laporan kurikulum, dan evaluasi pendidikan pesantren.

Seksi Ketenagaan mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan laporan ketenagaan pendidikan pesantren.

Seksi Sarana Prasarana dan Kelembagaan mempunyai tugas melakukan penyiapan penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan laporan sarana prasarana dan kelembagaan pendidikan pesantren.

Sedankan Seksi Kesantrian mempunyai tugas melakukan penyiapan penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan laporan pembinaan bakat, minat, dan prestasi santri pendidikan pesantren.

Subdirektorat Pendidikan Alquran mempunyai tugas melaksanakan penyiapan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, dan evaluasi di bidang pendidikan Alquran.  Dalam melaksanakan tugas tersebut, Subdirektorat Pendidikan Alquran menyelenggarakan fungsi:

1. penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan teknis di bidang kurikulum, ketenagaan, sarana, prasarana, kelembagaan dan kerja sama, serta kesantrian pendidikan Alquran;​​​​​​​
2. penyiapan bahan penyusunan norma, standar, prosedur, dan kriteria di bidang kurikulum, ketenagaan, sarana, prasarana, kelembagaan dan kerja sama, serta kesantrian pendidikan Alquran;​​​​​​​
3. penyiapan bahan pelaksanaan bimbingan teknis dan supervisi di bidang kurikulum, ketenagaan, sarana, prasarana, kelembagaan dan kerja sama, serta kesantrian pendidikan Alquran; dan​​​​​​​
4. penyiapan bahan pelaksanaan evaluasi dan laporan di bidang kurikulum, ketenagaan, sarana, prasarana, kelembagaan dan kerja sama, serta kesantrian pendidikan Alquran.

Subdirektorat Pendidikan Alquran terdiri atas Seksi Kurikulum, Seksi Ketenagaan dan Kesantrian, dan Seksi Sarana Prasarana dan Kelembagaan.

Seksi Kurikulum mempunyai tugas melakukan penyiapan penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan laporan kurikulum dan evaluasi pendidikan Alquran.

Seksi Ketenagaan dan Kesantrian mempunyai tugas melakukan penyiapan penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan laporan ketenagaan dan pembinaan bakat, minat, dan prestasi santri pendidikan Alquran.

Sedangkan Seksi Sarana Prasarana dan Kelembagaan mempunyai tugas melakukan penyiapan penyiapan bahan perumusan, koordinasi, dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur, kriteria, bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan laporan sarana prasarana, kelembagaan, dan kerja sama pendidikan Alquran.

Subbagian Tata Usaha mempunyai tugas melakukan pelayanan urusan persuratan, perencanaan, kepegawaian, ketatalaksanaan, keuangan, barang milik negara, kerumahtanggaan, kearsipan, data dan dokumentasi direktorat.  Subbagian Tata Usaha dalam melaksanakan tugasnya secara fungsional berada di bawah bagian umum dan Barang Milik Negara pada sekretariat direktorat jenderal dan secara operasional bertanggung jawab kepada Direktorat Pendidikan dan Pondok Pesantren.

Terkait pembinaan bagi Majelis Taklim, dalam Peraturan Menteri Agama Nomor 42 Tahun 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Agama dijelaskan bahwa pembinaan terhadap Majelis Taklim merupakan bagian dari pelaksanaan tugas dan fungsi Direktorat Penerangan Agama Islam Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Islam. Pembinaan Majelis Taklim diberikan sebagai bagian dari layanan Subdirektorat Kemitraan Umat Islam di bidang ketenagaan dan kemitraan.